En cinq mois, deux tribunaux administratifs ont jugé l’inverse l’un de l’autre sur le même texte. L’article 58 de la loi n° 2025-127 du 14 février 2025 a fixé une règle à compter du 15 février 2025, et rien pour l’antérieur. Le tribunal administratif de Paris, le 28 janvier 2026, applique la définition organique issue de la décision Institut technologique FCBA du 12 juillet 2023 : seules les aides versées par une personne morale de droit public se déduisent de l’assiette du crédit d’impôt recherche (CIR). Le tribunal administratif de Montpellier, le 30 juin 2026, retient des critères matériels — mission d’intérêt général, détention publique majoritaire, financement par le ministère, conditions avantageuses — et donne raison à l’administration sur un prêt à l’innovation de 1 000 000 € accordé par Bpifrance en 2021, remboursable, à déduire intégralement l’année du versement.

Une règle pour l’avenir, rien pour le passé

Le Conseil d’État, dans FCBA, a jugé que seules les aides versées par une personne morale de droit public peuvent être qualifiées de subventions publiques au sens du III de l’article 244 quater B du Code général des impôts (CGI). Bpifrance est une société anonyme de droit privé, donc ses aides échappent mécaniquement à la déduction. Le gouvernement dépose alors un amendement au projet de loi de finances pour 2025, daté du 22 novembre 2024, dont l’objet est explicite : sans intervention du législateur, ces aides « ne sont pas défalquées de l’assiette du CIR », conduisant à un cumul d’aide et donc à un coût supplémentaire pour les finances publiques. L’article 58 reprend la définition élargie — sont déduites les subventions publiques « qui s’entendent des aides versées par les personnes morales de droit public ou par les personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public », acquises ou remboursables — mais son II fixe l’entrée en vigueur au 15 février 2025. Pas de rétroactivité : les exercices antérieurs restent régis par l’ancien texte et la jurisprudence FCBA. La doctrine administrative, dans sa mise à jour du 13 août 2025 (BOI-BIC-RICI-10-10-30-20), précise que les prêts à taux zéro innovation distribués par Bpifrance, « personne morale de droit privé chargée d’une mission de service public », sont assimilés à un financement public de projets. Elle borne cette précision aux dépenses exposées à compter du 15 février 2025.

Le contentieux n’est pas l’insécurité — sauf quand le législateur s’abstient

FCBA avait fixé une règle claire pour le passé : seules les aides d’une personne morale de droit public se déduisent. Le TA de Paris l’applique ; le TA de Montpellier s’en écarte en substituant des critères matériels à la définition organique retenue par le Conseil d’État. Il n’y a donc pas deux jurisprudences nées de l’article 58 : il y a une jurisprudence conforme à la norme supérieure et un jugement de première instance qui la méconnaît, appelable, et qui ne sera pas suivi s’il est censuré. Confondre l’existence d’un jugement contraire avec l’existence d’une insécurité juridique, c’est confondre le contentieux — inhérent à tout système juridictionnel — avec l’absence de règle. Mais le ministère a interjeté appel du jugement Cleyrop, et aucun arrêt de cour administrative d’appel ni décision du Conseil d’État n’est intervenu à la date des sources consultées. Selon un cabinet, l’administration fiscale ne versera aucun fonds tant que la décision ne sera pas définitive, et il s’écoulera vraisemblablement 24 à 30 mois entre l’appel et le pourvoi probable : une réclamation déposée en 2026 ne trouverait son issue qu’à l’horizon 2028. Le délai de réclamation, lui, court : le 31 décembre 2026 pour le CIR généré au titre de l’exercice clos le 31 décembre 2023, aux termes de l’article R. 196-1 du Livre des procédures fiscales (LPF). Le législateur a choisi de ne pas trancher le passé. C’est un choix, pas une contrainte.

Publier la position, puis sortir du CIR

Nous proposons deux étages. Premier étage : publier, dans le Bulletin officiel des finances publiques (BOFiP), une position unique et datée sur le traitement des aides Bpifrance pour les exercices antérieurs au 15 février 2025. Nous soutenons que l’administration doit dire elle-même ce qu’elle tient pour acquis, plutôt que de laisser coexister la doctrine et un jugement de première instance. Une position BOFiP ne lie pas le juge — nous ne prétendons pas le contraire — mais elle rend l’aléa lisible pour le contribuable qui doit décider, avant le 31 décembre 2026, s’il réclame. Le coût de cette clarté est nommé : l’administration fiscale perd la latitude d’interpréter au cas par cas selon le contribuable contrôlé. Aucun chiffrage officiel du coût invoqué n’existe à notre connaissance ; nous demandons qu’il soit publié, pas qu’il soit inventé.

Deuxième étage, assumé comme sortant du cadre actuel : supprimer le CIR comme dépense fiscale administrée — 7,7 Md€ en 2025 pour près de 15 500 entreprises — et le remplacer par une déduction fiscale automatique des dépenses de R&D, sans condition d’agrément ni d’assiette administrée. Une déduction n’a de valeur que pour une entreprise bénéficiaire, et nulle pour une PME en perte : cet étage n’est pas un ajustement technique, c’est un changement de nature de l’aide. Les perdants sont les intermédiaires du CIR et l’administration qui l’instruit.

Nous demandons au législateur de trancher le passé par une disposition interprétative, ou à défaut de publier le chiffrage du coût qu’il invoque. Une règle qui ne s’applique qu’au futur et laisse le passé à l’aléa du tribunal n’est pas une sécurisation ; c’est un transfert du risque vers le justiciable.

Sources